Juan Pablo Romerok , mexikokoa, irabazi du aurten Tecnun eskaintzen duen Doktoretza Saria , minbizia bezalako gaixotasunen tratamenduaren zehaztasuna hobetzen duen algoritmo bat garatzeagatik. Harro dio "Bioconductor-en eskuragarri dagoela, algoritmo bioinformatikoen datu-base garrantzitsuenetako batean, eta datu-base honetara igo zenetik 4 mila aldiz baino gehiago deskargatu dela". Juan Pablo Romerok duela bi urte arrakastaz amaitu zuen tesia, berak aitortzen duenez, bere zuzendari Ángel Rubio eta Francis Planes doktoreen laguntzari esker ere. Orduz geroztik, Onkohematologia sailean ikertzen ari da CIMA

1. Zein izan zen zure tesiaren helburua?

Proiektuaren helburu orokorra algoritmo bat (EventPointer) garatzea zen, splicing gertakari alternatiboak aurkitzeko eta estatistikoki aztertzeko. gaixotasunagatik aldatuta.

Hainbat patologiaren garapenean alterazio genomiko batzuen kausa-ondorio erlazioaz hitz egiten duten hainbat artikulu zientifiko daude. Artikulu hauetako batek "Minbiziaren ezaugarriak"-i buruz hitz egiten du eta bere egileek minbizi mota guztientzat komunak diren sei ezaugarri definitzen dituzte, zelula normal bat gaizto edo tumore bihurtzea azaltzeko erabiltzen direnak. Geroago, Alterazio batzuekin Seinale horiekin izandako erlazioaren frogak agertu ziren eta beste artikulu bat agertu zen Seinalatuekin splicing alternatiboaren harreman zuzena egiten duena. Informazio honekin, uste genuen interesgarria litzatekeela aldaketa mota hau aztertzeko tresnak garatzea eta horrela patologia horien garapena hobeto ezagutzeko.

2. Zein da adierazten duen aurrerapen nagusia?

Adierazten duen aurrerapen nagusia metodologian dago batez ere. Dauden algoritmo batzuek analisi hauek egiten dituzte, baina ez dute erabilgarri dagoen informazio guztia erabiltzen. EventPointer-ekin, tresna matematikoak eta estatistikoak erabiltzen ditugu informazio hori guztia konbinatzeko eta askoz analisi sendoagoa eta osatuagoa sortzeko. Esangura estatistikoari buruzko balioak emateaz gain, alterazio horiek ikusteko bitartekoak ere ematen ditugu.

 Gaur egun ikerketa-taldeak algoritmoa garatzen jarraitzen du eta algoritmoarekin detektatzen diren splicing-gertaera guztiak esperimentalki balioztatzen laguntzen duen beste tresna bat sartu da.  

3. Aplikazio praktikoa izango al du?

Algoritmoa algoritmo bioinformatikoen datu-base garrantzitsuenetako batean dago eskuragarri: Bioeroale. Datu-base honetara igo genuenetik, 4 mila aldiz baino gehiago deskargatu da. Artikulu zientifiko ezberdinek ere aipatu gaituzte, komunitate zientifikoak ikerketa-proiektu ezberdinetan tresna hauek erabiltzen dituela frogatuz. Egia den arren, ikerketa-algoritmoa izanik, une honetan zaila dela kasu klinikoetan aplikazio zuzena izatea. 

Bestalde, algoritmoa Affymetrix softwarearen parte da (munduko 1 enpresa mikroarrayetan). Elkarlanean, algoritmoaren berri eman genien eta euren softwarean sartzea onartu zuten.

4. Zergatik uste duzu irabazi duzula eskaintzen duen Doktoretza Saria Aparteko Tecnun ?

Beharbada, doktoretzan egindakoa denon eskura dagoen benetako tresna bihurtu zelako. Nire tesia komunitate zientifikoari hainbat gaixotasun hobeto ulertzeko ekarpen gisa ikusten dut. Bestalde, uste dut, sari hau irabazteko aukera izan badut, nire tesi-zuzendari Ángel Rubio eta Francis Planes doktoreen laguntzari esker ere bada. Asko lagundu zidaten egunerokoan doktoregoko urrats guztiak hobeto ulertzen eta, batez ere, ikerketaren alorrean etorkizun baterako prestatzen. Gehiago ikusten dut bioinformatika talde osoaren sari gisa Tecnun .